Phylogenetic summary of protein families

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Animals and Fungi (Opisthokonta)2695239126341
45.0 %52.0 %
Bilateral animals (Bilateria)949672251494777
18.5 %28.1 %
Arthropods and nematodes (Ecdysozoa)37733688850
67.1 %67.1 %
Chordates (Chordata)962773941578655
16.3 %23.0 %
Vertebrates (Vertebrata)216311313255892910
14.2 %21.6 %
Jawed vertebrates (Gnathostomata)267521558052745898
9.1 %19.2 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)402412587772187146
6.7 %13.3 %
Bony fishes (Actinopterygii)17142150461302794
12.5 %20.1 %
Ray-finned fishes (Neopterygii)16584146561289639
15.4 %23.0 %
Osteoglossocephalai306872176164882438
23.9 %32.8 %
Bonytongues (Osteoglossiformes)194211778616350
81.4 %81.4 %
Teleost fishes (Clupeocephala)409973078652874924
13.4 %25.9 %
Euteleosteomorpha289282555017231655
10.0 %19.7 %
Teleost fishes (Acanthomorphata)20061180975911373
6.3 %21.0 %
Euacanthomorphacea25855202379074711
2.3 %14.4 %
Teleost fishes (Percomorphaceae)185695142210548837997
1.8 %14.3 %
Teleost fishes (Eupercaria)70704674543042946
3.8 %40.9 %
Puffers (Tetraodontidae)14529143921370
67.5 %67.5 %
Eupercaria incertae sedis1333113312190
60.5 %60.5 %
Perches and others (Perciformes)312063099051165
12.3 %52.1 %
Cottioidei1222712213140
78.6 %78.6 %
Anabantaria13141130931731
14.9 %42.2 %
Anabantoidei1086610787790
68.4 %68.4 %
Carangaria315203111793310
10.2 %44.2 %
Seriola20156196954610
73.9 %73.9 %
Pleuronectoidei46154605100
55.0 %55.0 %
Teleost fishes (Ovalentaria)40747390636081076
9.7 %26.9 %
Damselfishes (Pomacentridae)393323872155457
53.0 %58.4 %
Amphiprion20669199697000
76.1 %76.1 %
Silverside fishes (Atherinomorphae)1927318719196358
12.2 %34.6 %
Oryzias579585595820000
69.8 %69.8 %
Killifishes and others (Cyprinodontiformes)2026219745300217
23.2 %40.0 %
Cyprinodontoidei3996639025834107
42.5 %47.9 %
Live-bearing aquarium fishes (Poeciliinae)2404422366981697
27.4 %46.8 %
Xiphophorus16501162082930
67.1 %67.1 %
Poecilia39100383367640
65.4 %65.4 %
Aplocheiloidei1461514561540
66.7 %66.7 %
Cichlids (Cichlidae)205261958384499
47.9 %53.5 %
Pseudocrenilabrinae480824314631931743
31.4 %48.6 %
Haplochromini650926309519970
62.9 %62.9 %
Protacanthopterygii2237721085121973
47.6 %50.5 %
Trouts, salmons & chars (Salmoninae)10076377299208312633
60.3 %67.9 %
Salmo343903230320870
76.6 %76.6 %
Oncorhynchus673836447729060
69.3 %69.3 %
Otomorpha2157620720381475
16.2 %36.4 %
Teleost fishes (Otophysi)2188921358389142
31.0 %42.4 %
Cyprinoidei2152520280123411
68.5 %69.1 %
Cyprininae5212834917172110
88.9 %88.9 %
Characiphysae3881538066598151
41.5 %52.0 %
Characoidei20341199104310
71.0 %71.0 %
Herrings and anchovies (Clupeiformes)1463314547860
62.8 %62.8 %
Lobe-finned fish (Sarcopterygii)1407412729478867
5.2 %14.5 %
Tetrapods (Tetrapoda)17291153471014930
8.4 %16.1 %
Frogs & toads (Anura)15313146356780
74.0 %74.0 %
Amniotes (Amniota)315672221335905764
4.0 %10.3 %
Mammals (Mammalia)15966143526101004
8.0 %21.2 %
Marsupials and Placental mammals (Theria)214911837417121405
9.6 %17.6 %
Marsupials (Marsupialia)35577335651590422
42.8 %54.1 %
Diprotodontia30024294715530
70.6 %70.6 %
Placentals (Eutheria)7106145609618719265
2.5 %10.2 %
Xenarthran mammals (Xenarthra)822381161070
64.0 %64.0 %
African mammals (Afrotheria)22429222671620
61.9 %61.9 %
Placental mammals (Boreoeutheria)5594137384483413723
2.5 %9.4 %
Primates and Rodents (Euarchontoglires)472884110612534929
2.5 %12.5 %
Rodents and rabbits (Glires)1520014625136439
5.5 %23.0 %
Rodents (Rodentia)5267851451545682
12.9 %29.0 %
Sciuridae180171760340311
56.7 %58.2 %
Marmotini34010331228880
63.8 %63.8 %
Guinea pigs and others (Hystricomorpha)46243457734700
57.6 %57.6 %
Mice and others (Myomorpha)145311434811766
31.2 %48.8 %
Muroidea37881364201159302
38.7 %48.8 %
Cricetidae3527434946227101
38.5 %55.6 %
Hamsters (Cricetinae)15871157451260
64.7 %64.7 %
Old World rodents (Murinae)193641866065153
53.1 %57.4 %
Mice (Mus)191011860140298
44.0 %54.7 %
Mus574265635010760
61.8 %61.8 %
Rabbits, Hares and Pikas (Lagomorpha)1061910525940
66.5 %66.5 %
Primates (Primates)2125620221352683
7.3 %21.5 %
Dry-nosed primates (Haplorrhini)128211262111783
14.0 %23.9 %
Simians (Simiiformes)267582319123221245
22.4 %34.5 %
Apes and Old World monkeys (Catarrhini)276942468415881422
16.0 %30.4 %
Old World monkeys (Cercopithecidae)2277021128755887
16.8 %36.6 %
Old World monkeys (Cercopithecinae)772307427118601099
35.6 %56.6 %
Macaques (Macaca)335193237111480
72.1 %72.1 %
Rhinopithecus17844175672770
70.0 %70.0 %
Apes (Hominoidea)1926518339427499
18.5 %40.1 %
Great apes (Hominidae)1812217815202105
29.9 %45.4 %
Hominines (Homininae)3795037204517229
38.0 %54.9 %
Chimpanzees (Pan)18798186321660
67.8 %67.8 %
New World monkeys (Platyrrhini)1928617809888589
26.8 %44.5 %
Cebidae31621313222990
63.3 %63.3 %
Wet nose lemurs (Strepsirrhini)15017149217224
35.4 %47.2 %
Lemuriformes31108308083000
57.8 %57.8 %
Laurasiatherian mammals (Laurasiatheria)892978290615654826
4.1 %16.8 %
Cetaceans and Even-toed ungulates (Artiodactyla)5875157610702439
18.5 %30.0 %
Pecora40989379472073969
30.6 %45.0 %
Bovids (Bovidae)22601209641230407
44.6 %59.4 %
Caprinae16409160163930
69.0 %69.0 %
Bovinae20641184219201300
20.3 %48.9 %
Oxen, cattle (Bos)545865285317330
66.4 %66.4 %
Camelidae954794271200
60.0 %60.0 %
Suina16413162132000
74.0 %74.0 %
Whales & dolphins (Cetacea)1876517663693409
26.3 %41.8 %
Tooth whales (Odontoceti)4961648705586325
33.9 %52.8 %
Monodontidae1593415838960
70.3 %70.3 %
Insectivores (Eulipotyphla)53565330260
63.5 %63.5 %
Equus182701697912910
77.0 %77.0 %
Bats (Chiroptera)1470813641271040
1.1 %42.0 %
Microchiroptera98679847200
65.0 %65.0 %
Carnivores (Carnivora)2138320579335469
13.1 %31.5 %
Cat family (Felidae)1834217589492261
37.6 %57.5 %
Panthera32531322972340
62.0 %62.0 %
Caniforms (Caniformia)3833337665401267
23.0 %38.3 %
Dog, coyote, wolf, fox (Canidae)1864217420845377
45.7 %66.1 %
Gray wolf (Canis lupus)17246166915550
75.8 %75.8 %
Bears (Ursidae)1663816199277162
38.4 %60.8 %
Ursus14496141553410
64.4 %64.4 %
Mustelinae15635153472880
71.4 %71.4 %
Reptiles and birds (Sauria)267012151113683822
5.8 %21.8 %
Lizards & snakes (Lepidosauria)123781219213947
25.9 %34.7 %
Episquamata21260182798842097
11.4 %38.6 %
Laterata13883137821010
63.9 %63.9 %
Toxicofera12011119287310
33.8 %38.4 %
Elapidae33096305241663909
32.7 %50.6 %
Acanthophiinae13925137112140
66.4 %66.4 %
Birds and turtles (Archelosauria)1826017140329791
8.3 %28.3 %
Archosauria11427113024085
6.6 %20.6 %
Birds (Aves)14365130413111013
6.0 %25.6 %
Birds (Neognathae)47760460044631293
7.0 %26.5 %
Fowls (Galloanserae)143961420460132
10.4 %33.4 %
Waterfowl (Anatidae)12663125031600
65.9 %65.9 %
Turkeys (Phasianidae)26442260713710
60.5 %60.5 %
Perching birds (Passeriformes)44515399284154172
4.1 %45.7 %
Passeroidea77967770260
59.6 %59.6 %
Hidden-necked turtles (Cryptodira)1521914487602130
38.9 %47.3 %
Testudinoidea217681922314421103
28.9 %51.0 %
Tortoises (Testudinidae)15236149652710
65.3 %65.3 %
Terrapins (Emydidae)15875154224530
63.7 %63.7 %
Jawless vertebrates (Cyclostomata)622054028180
65.5 %65.5 %
Ciona sea squirts (Ciona)8790736914210
76.6 %76.6 %