Upcoming Ensembl Platform Transition

This is the final release of its kind on this website.

In summer 2026, this site will bring you to the new Ensembl platform currently at beta.ensembl.org.
Please bookmark this archive to retain access to the current site, tools and functionality until they are available on the new platform -> jun2026.archive.ensembl.org

Phylogenetic summary of protein families

This page provides a summary of the Ensembl phylogenetic analysis of protein families. The following views are available:

Statistics about the gene tree nodes

Species# Nodes# speciation nodes# duplication nodes# dubious nodesNode typesAverage duplication confidence scoreAverage duplication confidence score (non-dubious nodes)
Animals and Fungi (Opisthokonta)2682238326831
45.8 %51.1 %
Bilateral animals (Bilateria)937771971396784
18.1 %28.3 %
Chordates (Chordata)943473801433621
16.7 %24.0 %
Ciona sea squirts (Ciona)8839740914300
77.4 %77.4 %
Vertebrates (Vertebrata)212481300453592885
14.4 %22.1 %
Jawed vertebrates (Gnathostomata)268451563054115804
9.4 %19.5 %
Bony vertebrates (Euteleostomi)395282587567086945
6.4 %13.0 %
Lobe-finned fish (Sarcopterygii)1397112763401807
4.5 %13.6 %
Tetrapods (Tetrapoda)1718915329963897
7.8 %15.2 %
Amniotes (Amniota)313702216235425666
4.0 %10.4 %
Mammals (Mammalia)16060144026541004
7.9 %20.0 %
Marsupials and Placental mammals (Theria)213541835716761321
10.1 %18.1 %
Marsupials (Marsupialia)35566335531621392
42.8 %53.2 %
Diprotodontia30064295385260
70.6 %70.6 %
Placentals (Eutheria)7094145537618119223
2.5 %10.4 %
African mammals (Afrotheria)22421222751460
62.1 %62.1 %
Xenarthran mammals (Xenarthra)826081491110
65.3 %65.3 %
Placental mammals (Boreoeutheria)5573337104497813651
2.5 %9.3 %
Laurasiatherian mammals (Laurasiatheria)889148279415004620
4.1 %16.7 %
Equus183251705712680
77.1 %77.1 %
Cetaceans and Even-toed ungulates (Artiodactyla)5849457362708424
19.1 %30.6 %
Camelidae961694971190
59.7 %59.7 %
Pecora40719378411938940
30.5 %45.3 %
Bovids (Bovidae)2060219792441369
22.4 %41.2 %
Bovinae20604184049181282
19.8 %47.5 %
Cattle (Bos)537325192118110
73.4 %73.4 %
Caprinae16735163014340
71.3 %71.3 %
Suina16501162782230
73.3 %73.3 %
Whales & dolphins (Cetacea)1874317658700385
27.6 %42.8 %
Tooth whales (Odontoceti)4967148784548339
32.5 %52.6 %
Monodontidae1593615846900
68.3 %68.3 %
Bats (Chiroptera)122631203431198
6.0 %44.1 %
Yinpterochiroptera1243312419140
53.6 %53.6 %
Carnivores (Carnivora)2163820768375495
12.7 %29.5 %
Caniforms (Caniformia)3844537731432282
23.0 %38.1 %
Mustelinae15633153442890
70.2 %70.2 %
Dog, coyote, wolf, fox (Canidae)1859717421795381
44.8 %66.3 %
Gray wolf (Canis lupus)17365167745910
77.2 %77.2 %
Bears (Ursidae)1665916234269156
36.7 %58.1 %
Ursus14487141703170
64.0 %64.0 %
Cat family (Felidae)1702916309475245
35.6 %54.0 %
Panthera32563322982650
61.5 %61.5 %
Insectivores (Eulipotyphla)53795354250
68.0 %68.0 %
Primates and Rodents (Euarchontoglires)471544109012124852
2.4 %12.2 %
Primates (Primates)2126620261318687
6.8 %21.4 %
Wet nose lemurs (Strepsirrhini)15028149307523
33.7 %44.0 %
Lemuriformes31152308513010
58.7 %58.7 %
Dry-nosed primates (Haplorrhini)128091261910684
12.0 %21.5 %
Simians (Simiiformes)267302315123491230
22.7 %34.6 %
New World monkeys (Platyrrhini)1934717855902590
27.2 %45.0 %
Cebidae31608312823260
62.8 %62.8 %
Apes and Old World monkeys (Catarrhini)277512473715971417
16.3 %30.8 %
Old World monkeys (Cercopithecidae)2270721129738840
17.2 %36.7 %
Old World monkeys (Cercopithecinae)774007442518451130
35.2 %56.7 %
Macaques (Macaca)334633233611270
72.2 %72.2 %
Rhinopithecus17885175992860
71.7 %71.7 %
Apes (Hominoidea)1928018366457457
20.4 %40.8 %
Great apes (Hominidae)1813417814195125
28.2 %46.3 %
Hominines (Homininae)3793537190509236
36.9 %54.0 %
Chimpanzees (Pan)18820186771430
68.2 %68.2 %
Rodents and rabbits (Glires)1536914794141434
5.1 %21.0 %
Rabbits, Hares and Pikas (Lagomorpha)1060510507980
67.9 %67.9 %
Rodents (Rodentia)5291351700543670
12.8 %28.6 %
Guinea pigs and others (Hystricomorpha)46311458484630
58.1 %58.1 %
Sciuridae180401761241810
56.3 %57.7 %
Marmotini34002331408620
63.6 %63.6 %
Mice and others (Myomorpha)145161433610575
28.5 %48.8 %
Muroidea38379367821237360
37.6 %48.5 %
Old World rodents (Murinae)192001856058753
56.4 %61.4 %
Mice (Mus)1908918585395109
45.4 %58.0 %
Mus589655751614490
66.0 %66.0 %
Cricetidae3570735298301108
41.5 %56.4 %
Hamsters (Cricetinae)15470153471230
60.6 %60.6 %
Reptiles and birds (Sauria)267662153814263802
6.1 %22.5 %
Birds and turtles (Archelosauria)1829417185354755
7.9 %24.6 %
Hidden-necked turtles (Cryptodira)1523414502609123
39.7 %47.7 %
Testudinoidea216371919913961042
29.4 %51.3 %
Terrapins (Emydidae)15939154824570
63.1 %63.1 %
Tortoises (Testudinidae)15300150162840
65.7 %65.7 %
Archosauria115091133148130
5.4 %20.1 %
Birds (Aves)15192130663341792
3.8 %24.5 %
Birds (Neognathae)20470180443322094
3.1 %22.8 %
Core landbirds (Telluraves)1500414022101881
3.0 %29.2 %
Australaves11644115922626
15.5 %31.0 %
Perching birds (Passeriformes)44442399513834108
3.9 %46.3 %
Passeroidea78817859220
61.4 %61.4 %
Fowls (Galloanserae)142151405454107
12.3 %36.6 %
Waterfowl (Anatidae)12648124801680
65.2 %65.2 %
Turkeys (Phasianidae)26429260503790
60.4 %60.4 %
Lizards & snakes (Lepidosauria)123561215214856
26.0 %35.8 %
Episquamata21233182819352017
12.2 %38.4 %
Toxicofera12113120089510
35.3 %39.1 %
Elapidae33047305701643834
33.4 %50.4 %
Hydrophiinae13999137842150
65.3 %65.3 %
Laterata1394613866800
65.0 %65.0 %
Frogs & toads (Anura)15404146747300
73.6 %73.6 %
Bony fishes (Actinopterygii)17064151121250702
13.5 %21.0 %
Ray-finned fishes (Neopterygii)16600147061291603
14.7 %21.5 %
Osteoglossocephalai306122177964202413
24.3 %33.4 %
Bonytongues (Osteoglossiformes)194161782615900
82.0 %82.0 %
Teleost fishes (Clupeocephala)412523115253874713
14.5 %27.2 %
Euteleosteomorpha286982547316661559
10.7 %20.7 %
Protacanthopterygii2281721489125969
47.4 %50.0 %
Trouts, salmons & chars (Salmoninae)10210178175214462480
62.0 %69.2 %
Oncorhynchus707436770330400
70.3 %70.3 %
Salmo344133235920540
77.6 %77.6 %
Teleost fishes (Acanthomorphata)19946181065621278
6.6 %21.6 %
Euacanthomorphacea25776203148694593
2.3 %14.6 %
Teleost fishes (Percomorphaceae)185144142031562837485
1.8 %14.0 %
Teleost fishes (Ovalentaria)40755391146351006
10.8 %27.9 %
Silverside fishes (Atherinomorphae)1943818868207363
12.4 %34.0 %
Killifishes and others (Cyprinodontiformes)2028019748314218
23.2 %39.4 %
Cyprinodontoidei4006139102851108
42.6 %48.0 %
Live-bearing aquarium fishes (Poeciliinae)2400822337959712
27.0 %47.0 %
Xiphophorus16554162702840
67.4 %67.4 %
Poecilia39179384167630
65.0 %65.0 %
Aplocheiloidei1464914598510
66.7 %66.7 %
Oryzias580115596420470
68.9 %68.9 %
Cichlids (Cichlidae)205531963582296
47.8 %53.4 %
Pseudocrenilabrinae484274339632181813
31.5 %49.2 %
Haplochromini635466189816480
61.8 %61.8 %
Damselfishes (Pomacentridae)394193882551777
51.4 %59.0 %
Amphiprion20258196186400
76.9 %76.9 %
Teleost fishes (Eupercaria)70381672853112785
4.3 %42.3 %
Eupercaria incertae sedis1353913524150
53.3 %53.3 %
Perches and others (Perciformes)318793165666157
16.2 %54.7 %
Cottioidei1350413489150
73.3 %73.3 %
Puffers (Tetraodontidae)14576144521240
69.8 %69.8 %
Anabantaria13372133341820
24.1 %50.9 %
Anabantoidei1105310966870
68.4 %68.4 %
Carangaria315033113172300
8.8 %45.4 %
Seriola20219197474720
74.7 %74.7 %
Pleuronectoidei46994685140
57.1 %57.1 %
Otomorpha2174120904407430
17.5 %35.9 %
Teleost fishes (Otophysi)2202721472401154
33.1 %45.8 %
Characiphysae3822837561503164
39.8 %52.7 %
Characoidei19908195183900
68.8 %68.8 %
Cyprinoidei2160620318127810
68.0 %68.5 %
Cyprininae5214134890172510
88.8 %88.8 %
Herrings and anchovies (Clupeiformes)15814157011130
61.5 %61.5 %
Jawless vertebrates (Cyclostomata)627154578140
65.4 %65.4 %
Arthropods and nematodes (Ecdysozoa)37643685790
65.8 %65.8 %